Институт финансового контроля и аудита был учрежден в апреле 2006 года Ассоциацией контрольно-счетных органов Российской Федерации в лице Председателя Счетной палаты Российской Федерации, доктора юридических наук профессора Степашина Сергея Вадимовича.
Лицензия Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки № 0018 от 14.07.2010 г., свидетельство об аккредитации Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки № 0594 от 14.07.2010 г.) на право ведения образовательной деятельности и выдачи дипломов государственного образца.
В Институте финансового контроля и аудита впервые в России, в соответствии с программой «Государственных требований к минимуму содержания и уровню требований к специалистам для получения дополнительной квалификации «Аудитор государственного и муниципального управления», разработанной специалистами Счётной палаты Российской Федерации, и утверждённой приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 15 февраля 2008 года № 56 открыта новая экономиче-ская специальность «Аудитор государственного и муниципального управления» с присвоением квалификации «Аудитор государственного и муниципального управления».
Право обучаться имеют лица, получившие первое высшее образование. Срок обучения — 2 года. Форма обучения — заочная (для жителей Ростова-на-Дону) или дистанционная (для жителей других городов). Выпускники получают диплом государственного образца о дополнительном (к высшему) образовании, позволяющий занимать должности, для которых установлено требование о наличии высшего экономического образования.
Программа предназначена для подготовки специалистов контрольно-счётных органов, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и муниципальных образований, аудиторских фирм. Специальность особенно актуальна в связи с вступлением в действие с 01.10.2011 федерального закона от 28.01.2011 «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации», который определяет создание контрольно-счётных органов во всех муниципальных образованиях субъектов Российской Федерации.
После окончания обучения, на основании решения Государственной аттестационной комиссии, выпускникам, показавшим высокие результаты во время обучения, сдачи государственного экзамена и защиты дипломной работы, будет оказана помощь в трудоустройстве по специальности в контрольно-счётные органы Российской Федерации.